各話紹介
リジェネイダーJの司令官・ライシンは、新米のヒバナとレイキに強化服：ガイアスーツを初めて装着させていた。ガイアスーツは、かつて戦争の道具として使われていたが、彼らは弱者や傷ついている人々を助けるために利用したいと願っていた。
一方、混血人類ミクスドの殲滅を狙う組織・ディストローグに、戦闘経験豊富な傭兵・アビリティが加わってきた。偵察中のヒバナとレイキは、身を隠しているところをアビリティに発見され、その実力に圧倒され、逃亡を余儀なくされる。敗北の責任を巡って互いを責め合う二人。その前に、ディストローグのボス・カルムが現れた。「君たちのガイアスーツは、フェイスマスクを装着することで完全体になる・・・」カルムは何故か、二人にガイアスーツの強化方法を教えるのだった。カルムの狙いは何か？そしてリジェネイダーJとディストローグの戦いはこの先どうなるのか！？
宇宙から飛来した「アストロン」との混血人類「ミクスド」と、純血人類「ブラッド」。人類を二分し、世界を荒廃させた「ミクスド戦争」が終結してから早10年余り。二度と大きな戦争を起こさないため、二つの勢力が動いていた。一つは、ミクスドとブラッドが互いに手を取り合う世界を目指す「リジェネイダーJ」。もう一つは、戦争の原因をミクスドにあるとし、ミクスドの殲滅を図る「ディストローグ」だ。両者の掲げる正義は大きく異なり、今日も戦いが続いていた。
「リジェネイダーJ」の若きリーダー・ヒバナは、逃亡するミクスドを救うべく単身奮戦するが、「ディストローグ」のボス・カルムと幹部・ミーズムに圧倒される。駆けつけた仲間に単独行動を諫められても、ヒバナに反省の色はない。果たして「リジェネイダーJ」の若きメンバーたちは、自分たちの掲げる正義を貫くことが出来るのか・・・
ディストローグの刺客ミーズムとアビリティの襲撃を受けたミクスドたち。立ち向かうリジェネイダーJのヒバナとレイキだったが、チームワークが取れずまたしても敗北してしまう。互いを責め合うヒバナとレイキは、司令官・ライシンの仲裁を受ける。歴戦の勇者であり、雷親父のライシンは鷹揚に二人をいなし、再びタッグで任務に向かわせた。一方で新米メンバーのタチカゼは、何故かライシンへの不満を募らせていた。
ミクスド救出に出かけたヒバナとレイキだったが、待ち構えていたのはミーズムだった。2対1の戦い、しかし相変わらずいがみ合うヒバナとレイキは、息が合わずに敗北する。二人は危機を乗り越え、任務を全うできるだろうか！？
自分の手柄のため、ミクスドに襲いかかるミーズムと戦ったヒバナ、レイキ、タチカゼの3人は、力を合わせて勝利する。だが、ヒバナとレイキは相変わらずすぐに言い合いになってしまう。ヒバナといがみ合うレイキには、自分がリーダーになりたいという願望があった。ヒバナがリーダーをしている事に納得がいっていないレイキ。その前に現れ、甘い言葉をささやくミーズム。手柄のためにミクスドを利用しろというミーズムに、レイキの心は動く・・・一方、秘かにディストローグに呼び出された若きメンバー・タチカゼもまた、心揺れ動いていたのだった。若者たちを見つめるリジェネイダーJの司令ライシンは、彼らを教え導くことが出来るだろうか？そしてライシンへの深い憎しみを燃やすディストローグの幹部アビリティ。戦い方が似るライシンとアビリティの関係性はなにか…
タチカゼのもとに現れたカルムとアビリティ。そこでタチカゼは衝撃の真実を告げられる。彼の家族を殺したのは、リジェネイダーJの司令官ライシンだというのだ。家族の死の真相を追っていたタチカゼはカルムの話を信じ、リジェネイダーJを抜けディストローグへと去ってしまう。
さらにヒバナはカルムに、ライシンはアビリティから衝撃な真実を告げられる。カルム、アビリティが告げる真実とは！？
抵抗運動を通じ、差別と弾圧と戦おうとする少数民族ミクスドのゴソンケンとリュウショーは、ディストローグに寝返ったタチカゼに襲われる。自分たちを守ってくれていたリジェネイダーJが信用できなくなり心が揺れるミクスド達は、もはや自分達しか頼るものが無いと考え始め、戦争基地の廃墟に向かった。はたして廃墟には何が隠されているのか！？
タチカゼが去り、ライシンは傷つき、リジェネイダーJは危機に陥っていた。さらに不意を突かれたヒバナはアビリティとタチカゼに襲われ、連れ去られてしまう。ヒバナを探していたレイキは、ミクスドのゴソンケンの助けを借りてヒバナ奪還を目指した。一方、レイキから実力不足を思い知らされたリュウショーは、ライシンをトレーナーに特訓を開始する。レイキ達は無事にヒバナを連れ戻り、リジェネイダーJの反撃を果たすことができるのか！？
ディストローグ側では、アビリティがリジェネイダーJの新たな基地を特定し、アビリティとタチカゼがリジェネイダーJの基地への奇襲へと、ミーズムはミクスドへの攻撃へと動き出した。しかし、タチカゼはカルムから聞いたライシンが自分の家族を殺したという話に疑問を持っていた。一方、ヒバナとレイキはそれぞれの覚悟をライシンに伝えた後、訓練に励もうとするが、SOS信号の音を聞き、ミクスドの救助へと急行した。ライシンが1人になった所をタチカゼとアビリティが現れ、ライシンを攻撃する。ライシンは自分の家族を助けることもできなかったことに責任を感じていることを話すが、タチカゼとアビリティは聞く耳を持たずにそのまま攻撃を続ける。一方、ヒバナとレイキはミクスドを守るべくミーズムと戦うが、2人はミーズムの罠にはめられてしまい、撤退した。ライシンがタチカゼとアビリティの攻撃を受けてピンチになった所をリュウショーとゴソンケンが助けに入り、さらにはヒバナとレイキも加勢する。実はヒバナとレイキもタチカゼと同じようにかつての戦争で両親を失った過去を持っていた。ヒバナとレイキはゴソンケンから受け取った端末で戦闘記録を調べていた所、カルムが自分が行った虐殺行為をライシンの仕業に仕立てていたことを突き止める。今度こそ2人は、タチカゼを連れ戻すことができるのか！？
レイキは、少数民族ミクスドを滅ぼそうとしているディストローグが来てもいいように激しい特訓を行ている。一方、ライシンは息子のアビリティに過去の過ちを謝罪するがディストローグのカルムとミーズムに話している様子を見られ戦いが始まってしまう。ヒバナが駆け付けそこで、ライシンとアビリティが親子であることを知る。ライシンは戦いの傷でこれ以上戦えないことからヒバナに自分のマスクを託すが今の体ではもたなく、特訓をするように言われるが無視して装着しカルムを追いかけ戦うがマスクのせいでコントロールができない。ディストローグはヒバナがライシンからマスクを託されたことを知り、このままでは危険だと思いミーズムがマスクの改造を研究していたことからカルムはミーズムにその成果を発揮するように頼む。ミーズムは自身のマスクを改造し少数民族ミクスドを実験台にするが実力が落ちていることからさらにマスクの改造を試みる。傷だらけのミクスドの元へヒバナとレイキが駆け付ける。ミクスドの証言からミーズムがマスクの改造をしパワーアップしていることを知りマスクと自身が着ているガイアスーツについて語っている時ミーズムが現れ一人で五人を相手にする壮絶な戦いが繰り広げられるがミーズムはどうなってしまうのか⁉
戦いで敗れたミーズム、自らの意思で組織を離れたアビリティ、ディストローグに残っているのはカルムただ一人。そんなカルムは、ミーズムによって改良されたマスクを手に取り、己が正義を貫くためリジェネイダーJの元に歩みを進める。一方リジェネイダーJは、リューショーとゴソンケンの訓練をアビリティことムサイに任せ、カルムとの戦いに向け訓練を始めた。それぞれが不安を抱えながらもチームとしての団結力の高まりを感じていた。リューショーとゴソンケンは、ムサイによっていつもより厳しい訓練を受けていたが、自らの成長を感じていた。しかし、そんな彼らの前にカルムが現れる。カルムが装着しているマスクを警戒したムサイは、ゴソンケンに救援を求めに行かせ、リューショーと二人でカルムに立ち向かうが、カルムのその強大な力に圧倒され、追われる形でその場を後にした。助けを求めに行ったゴソンケンは、無事レイキとタチカゼの元に辿り着くが、傷ついたムサイとリューショーを連れたカルムが三人の前に現れた。レイキとタチカゼは、ムサイとリューショー、ゴソンケンを逃がしカルムに立ち向かうが、強化されたカルムの前に倒れてしまう。そこにヒバナが駆けつけカルムの前に立ち塞がるが、ヒバナはまだライシンのマスクを扱いきれていないことを話す。すると、カルムはその理由はヒバナがミクスドであるためと語った。動揺するヒバナであったが、自分に対して何も態度を変えないレイキとタチカゼの姿を見て、マスクを扱えきれなくても、自分がミクスドであろうとも、仲間たちと共に戦うことを決意し、カルムとの最後の戦いに挑む。
ディストローグとの戦いを終え、ひと時の平和を掴んだリジェネイダーJの面々は、坂戸市のヒーローであるエスクローリーを招いてのクリスマスパーティーを計画していた。平和を噛み締めていた彼らであったが、クリスマスパーティーに参加予定のゴソンケンの姿がないことに疑問を感じたライシンの指示により、ヒバナとレイキ、タチカゼの三人が捜索を始める。ゴソンケンは、トリニティとスカラの二人のミクスドと行動を共にしていた。トリニティとスカラの二人は「ミクスド解放同盟」という組織を結成し、ミクスドのためとして過激な暴力運動を繰り返していたのだ。今度はリジェネイダーJをターゲットとし、計画を進めていた彼らに対し、ゴソンケンは計画を中止させようと説得を試みるも、トリニティの銃撃によって負傷させられてしまう。
ゴソンケンの捜索を続けていたヒバナとレイキ、タチカゼの三名は、ゴソンケンの失踪に「ミクスド解放同盟」が関連していると考え、手分けして捜索を早めようとするが、今度は一人となったタチカゼの前にトリニティとスカラが現れる。一度でも敵として寝返っていたタチカゼを許すわけにはいかないとし、トリニティはタチカゼに銃を向ける。負傷しながら辛くもトリニティから逃げ延びたタチカゼはその場で倒れてしまうが、偶然に居合わせたエスクローリーによって救助される。
その頃、トリニティによって負傷させられたゴソンケンはヒバナとレイキに合流し、事の顛末を伝えると共にライシンの元へ急ぐため基地へ歩みを進めるが、それはリジェネイダーJの基地を特定するためのトリニティの罠であった。だが自分たちのしていることに疑問を持っていたスカラは、トリニティに自らの疑問を伝えるが、そんなスカラの考えを知ったトリニティはスカラに薬を注射し自らの命令に従う兵器にしてしまう。
一方その頃、皆の帰りを待っていたライシンの前にタチカゼを抱えたエスクローリーが現れ、事の顛末を説明していた。そこにヒバナとレイキ、ゴソンケンの三人も合流し「ミクスド解放同盟」の存在を明らかにするが、そんな彼らの前にトリニティが現れる。トリニティは自分たちの正義を語り、操り人形と化したスカラをヒーローたちに差し向ける。負傷者を抱えながらもこれを迎え撃とうとするヒーローたちに、暴走したスカラの恐るべき爪が襲い掛かる！
番外編「城西大学ヒーローイベント」
リジェネイダーJ対ディストローグとの最終決戦も終わり平穏な日々が続いていたある日、レイキは埼玉県ふじみ野市にある大型ショッピングモールを訪れていた。だがそこに突如として現れたのは、ディストローグの創設者カルムだった。 古より甦りし古代の戦士・高麗戦士トライと、普通の日常を取り戻すべく抗う若きヒーロー・ワゲートの活躍により、辛くもカルムを退けた両名だが、既に改心していたカルムは何者かに洗脳され操られてことを知る。
事態を把握したレイキはトライと協力し、元凶を打ち倒すべくイベントに潜り込むこととなるが...
